北京清華長庚醫(yī)院借鑒并在地化臺灣長庚紀(jì)念醫(yī)院管理模式，構(gòu)建現(xiàn)代醫(yī)院管理體制和運營模式，實行黨委領(lǐng)導(dǎo)下的院長負(fù)責(zé)制，專業(yè)化醫(yī)療團隊與職業(yè)化行政團隊分工協(xié)同治理，提高醫(yī)院管理的率和益。

醫(yī)院以優(yōu)越的事業(yè)平臺、舒心的工作環(huán)境和體面的薪酬待遇，從海內(nèi)外引進了一批的專家，組成高水平醫(yī)療團隊。首任執(zhí)行院長董家鴻為國際肝膽胰外科和肝臟移植專家，于2017年當(dāng)選中國工程院院士。醫(yī)院實行Attending醫(yī)師負(fù)責(zé)制、全責(zé)護理制和全人照護模式，并推行以疾病為導(dǎo)向的整合式醫(yī)療，持續(xù)優(yōu)化醫(yī)療流程，為各類病患提供高、優(yōu)質(zhì)、經(jīng)濟的診療服務(wù)，不斷提升疾病和康復(fù)水準(zhǔn)。