北京大學(xué)口腔醫(yī)院建立于1941年，原址位于西什庫后庫。由于發(fā)展需要，醫(yī)院于1985年搬遷至海淀區(qū)白石橋路38號，簡稱“總院”，舊址改名為“分院”。1995年，根據(jù)北京大學(xué)醫(yī)學(xué)部總體規(guī)劃需要，“分院”遷址于西城區(qū)西什庫大街甲37號。2000年，按照醫(yī)政管理規(guī)范，“分院”更名為“門診部”。門診部于2010年開始進行改擴建工程，2013年完工，從此以嶄新的面貌迎接新老患者。