醫(yī)院前身是白求恩醫(yī)科大學(xué)第三臨床學(xué)院。成立于1949年11月，時(shí)為中國(guó)人民解放軍“長(zhǎng)春醫(yī)科大學(xué)外科學(xué)院”。先后經(jīng)歷了中國(guó)人民解放軍第三軍醫(yī)大學(xué)第三臨床學(xué)院、中國(guó)人民解放軍第一軍醫(yī)大學(xué)第三臨床學(xué)院、吉林醫(yī)科大學(xué)第三臨床學(xué)院、白求恩醫(yī)科大學(xué)第三臨床學(xué)院時(shí)期。1993年7月，醫(yī)院主體遷入位于長(zhǎng)春市經(jīng)濟(jì)技術(shù)開(kāi)發(fā)區(qū)的新址。新醫(yī)院是由吉林省政府和長(zhǎng)春市政府撥地、衛(wèi)計(jì)委投資基建、日本政府無(wú)償援助價(jià)值26億日元先進(jìn)設(shè)備而共同興建的，為紀(jì)念中日兩國(guó)人民及政府間的友誼，醫(yī)院被命名為白求恩醫(yī)科大學(xué)第三臨床學(xué)院(中日聯(lián)誼醫(yī)院)。2000年6月，吉林大學(xué)、白求恩醫(yī)科大學(xué)等5所高校合并組建新吉林大學(xué)，醫(yī)院易名為“吉林大學(xué)中日聯(lián)誼醫(yī)院”。