“十三五”以來九院學(xué)科建設(shè)水平不斷發(fā)展?，F(xiàn)擁有口腔疾病臨床醫(yī)學(xué)研究中心 1 個(gè)，口腔臨床醫(yī)學(xué)、整復(fù)外科、骨科等 3 個(gè)重點(diǎn)學(xué)科，口腔基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)為重點(diǎn)培育學(xué)科。骨科、口腔頜面外科、牙體牙髓科、牙周病科、口腔修復(fù)科、眼科、整復(fù)外科、口腔正畸科、口腔黏膜科等9個(gè)臨床重點(diǎn)?？?上海市教委 IV 類“高峰學(xué)科”1 項(xiàng);上海市教委“高峰高原學(xué)科”建設(shè)項(xiàng)目 1 項(xiàng);口腔醫(yī)學(xué)、整復(fù)外科與組織工程學(xué)等3個(gè)教育部 211工程重點(diǎn)學(xué)科;還有口腔疾病、修復(fù)重建外科、創(chuàng)傷骨科與骨關(guān)節(jié)外科等 3 個(gè)上海市臨床醫(yī)學(xué)中心。口腔黏膜病科列為中醫(yī)藥管理局重點(diǎn)?？?血管外科為批外周血管介入診療培訓(xùn)基地;組織工程學(xué)、口腔頜面外科學(xué)為上海市重點(diǎn)學(xué)科(優(yōu)勢學(xué)科)、口腔修復(fù)和生物材料學(xué)為上海市重點(diǎn)學(xué)科(特色學(xué)科)，口腔基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、眼科學(xué)為上海市重點(diǎn)學(xué)科;修復(fù)重建外科為上海市“重中之重”臨床醫(yī)學(xué)中心;眼科、耳鼻喉科學(xué)為上海市重中之重”臨床重點(diǎn)學(xué)科;內(nèi)分泌科、麻醉科、泌尿外科為上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院重點(diǎn)學(xué)科;醫(yī)院掛牌中國房顫中心，是上海交通大學(xué)血管病診治中心、疝與腹壁外科疾病診治中心單位，神經(jīng)內(nèi)科是上海市腦卒中預(yù)防與救治中心之一。