醫(yī)院為1980年國務院批準的首批碩士學位授予權單位，擁有臨床醫(yī)學一級學科碩士學位授權點和口腔醫(yī)學專業(yè)學位碩士授權點。設有臨床醫(yī)技科室65個，教研室21個。建有重點建設學科1個，省級臨床重點?？坪椭攸c培育?？聘?個，校級重點學科6個。建有省級臨床質控中心2個。主辦學術性期刊《中國臨床藥理學與調節(jié)學》雜志，為中國科技核心期刊, CSCD核心版期刊。

醫(yī)院高度重視醫(yī)學人才培養(yǎng)工作，是住院醫(yī)師規(guī)范化培訓基地、臨床藥師培訓基地和省級全科醫(yī)學師資培訓基地。年主辦省級以上繼教項目40余項，承擔皖南醫(yī)學院碩士、本科生的理論實踐教學任務。近三年，醫(yī)院承擔自然科學基金、省部級課題等共計257項;發(fā)表學術論文1468篇，SCI收錄論文152篇;獲省、市科學技術獎13項，科研能力顯著提升。