1993年醫(yī)院被武警總部后勤部授予“醫(yī)藥科技先進(jìn)單位”;1994年獲得武警醫(yī)學(xué)雜志頒發(fā)的“撰寫醫(yī)學(xué)論文特等獎”;1995年被北京市首批納入“大病統(tǒng)籌”定點(diǎn)醫(yī)院;1997年以高分跨入“三級甲等醫(yī)院”行列;1998年被第四軍醫(yī)大學(xué)正式列為“教學(xué)醫(yī)院”，并相繼建立了碩士生、博士生培養(yǎng)點(diǎn);1999年被評為北京市醫(yī)療保險定點(diǎn)醫(yī)院;2000年被全軍評選為“繼續(xù)醫(yī)學(xué)教育先進(jìn)單位”;2001年被首批評選為全國“明明白白看病百姓放心醫(yī)院”，并被確認(rèn)建立了國際緊急救援組織(SOS)中國救援醫(yī)療基地。2002年8月在總部有關(guān)部門的大力支持下，武警總醫(yī)院被人事部批準(zhǔn)成立“博士后科研工作站”。