醫(yī)院科室齊全，實力雄厚。除閩南醫(yī)院、皮膚病性病分院、康復(fù)醫(yī)院外，還擁有臨床、醫(yī)技科室70個，建有院士專家工作站，設(shè)有健康體檢中心和福建醫(yī)大附一護(hù)養(yǎng)中心。其中，神經(jīng)內(nèi)科、整形外科、普通外科為臨床重點專科建設(shè)項目單位，中西醫(yī)結(jié)合心血管科為中醫(yī)藥管理局重點?？萍案＝ㄊ≈嗅t(yī)、中西醫(yī)結(jié)合重點?？?神經(jīng)內(nèi)科、骨科、神經(jīng)外科、整形外科、普通外科、眼科、耳鼻咽喉科、兒科、病理科、皮膚科為福建省臨床重點專科建設(shè)項目;神經(jīng)內(nèi)科、耳鼻咽喉科為福建省醫(yī)學(xué)重點學(xué)科