醫(yī)院前身為1928年建立的蘭州中山醫(yī)院，1932年成為甘肅學(xué)院醫(yī)學(xué)專修科的教學(xué)醫(yī)院，是甘肅省早建立的公立醫(yī)院。1946年更名為“國立蘭州大學(xué)附設(shè)醫(yī)院”，1948年更名為“蘭州大學(xué)醫(yī)學(xué)院附設(shè)醫(yī)院”，1954年從蘭州大學(xué)分出獨(dú)立建院，更名為“蘭州醫(yī)學(xué)院附設(shè)醫(yī)院”，1959年成立“蘭州醫(yī)學(xué)院第二附屬醫(yī)院”，2004年隨蘭州醫(yī)學(xué)院整體并入蘭州大學(xué)，更名為“蘭州大學(xué)第二醫(yī)院”。